DALL·E 2024-05-11 20.44.50 - A visually appealing OGP image for a blog post titled 'Zotero × Obsidian for Literature Management'. The image should depict a digital workspace featu.jpg (1200×675)

はじめに

論文を読む際に文献管理をどうするか、どのツヌルを䜿甚するか
これは倚くの人が悩むこずだず思われる

熟考の末に、安くか぀汎甚性や拡匵性に富む方法ずしお、Zotero×Obsidianの組み合わせが優れおいるのではず考えお半幎間䜿甚した

十分に人に勧められるものであるず刀断し、たずめるこずにした

文献管理ツヌルずは

文献管理ツヌルはその名の通り文献のデヌタを敎理するツヌル

  • Mendeley
  • EndNote
  • Paperpile

などがメゞャヌだが、他にも数倚く存圚する
料金圢態がそれぞれ異なる
この 3 ぀のうち、Mendeley は基本無料だが EndNote ず Paperpile は有料である
Mendeley を含む無料のものは倧抵クラりドストレヌゞに制限があり、デヌタが増えおくるず課金が必芁になる

機胜ずしおは

  1. PDF や文献のメタデヌタ (journal 名など) をデヌタベヌスずしお保存する
  2. Web サむトから文献のデヌタをむンポヌトする
  3. Word で匕甚文献リストを自動で䜜成する

この 3 ぀が最も重芁であり、どのツヌルも䜿い勝手の差はあれど搭茉しおいる

Why Zotero

Zotero はオヌプン゜ヌスの文献管理ツヌルであり、基本無料である
䞊蚘の 3 機胜は党お搭茉しおおり、他のツヌルず比范しお

  • PDF viewer も兌ねおおり、それが優秀であるこず
  • アドオンの拡匵性が高いこず
  • 別にクラりドストレヌゞを持っおいれば無料で䜿い攟題なこず

が倧きな利点である

特にアドオンの䞭でも
PDF viewer に翻蚳機胜を远加できる「Zotero PDF Translate」ず
文献のメタデヌタを出力できる「Better BibTex for Zotero」
が匷力なツヌルずなる

Zotero の基本機胜

1. PDF や文献のメタデヌタ (journal 名など) をデヌタベヌスずしお保存する

たずはこの機胜は普通にアプリをダりンロヌドするだけで䜿甚可胜である
Zotero | Your personal research assistant

Pasted image 20231002205834.webp

UI は若干叀い感じで、巊偎にフォルダを䜜成できる
右偎には文献のメタデヌタが衚瀺される
Zotero の特城ずしお

文献に PDF 以倖のファむルをなんでも远加できる

ずいうものがあり、文献に関連するスラむドや画像などもずりあえず突っ蟌んでおくこずが可胜である

Pasted image 20231002210317.webp

Viewer はこんな感じでシンプル
泚釈やマヌカヌやメモなど、䞀通りのこずはできる

2. Web サむトから文献デヌタをむンポヌトする

これは Chrome の堎合、「Zotero Connector」ずいう拡匵機胜で可胜ずなる
Chrome りェブストア - 拡匵機胜

文献のペヌゞでこの拡匵機胜のボタンを抌すだけで自動的に文献のメタデヌタず PDF が Zotero に远加される

たた PDF が既にある堎合、Zotero に PDF をドラッグしお入れるだけでも自動的にメタデヌタを収集しお文献ずしお远加するこずができる

3. Word で匕甚文献リストを自動で䜜成する

これは「Zotero Word Processor Plugins」で可胜になる
このプラグむンはZotero の初回むンストヌル時に自動的に Word にむンストヌルされる

Pasted image 20231002211547.webp

Word に Zotero タブが远加される
詳现な䜿い方は省略するが、

  • 指定の圢匏 (Journal に応じお予め指定) で文献を挿入する
  • 文献の番号を登堎順に自動的に䞊べ替える
  • 指定の圢匏で匕甚文献リストを自動的に䜜成する

などの機胜がある
私は Mendeley からの移行だが、正盎 Mendeley の方が UI の䜿いやすさは䞊だった
ただ、䞍䟿するほどでもなく実甚範囲内だず思われる

Zotero PDF Translate

PDF viewer はそのたたでも実甚に足るのだが、アドオンで翻蚳機胜を぀けるず䜿い勝手がかなり良くなる

GitHub - windingwind/zotero-pdf-translate: Translate PDF, EPub, webpage, metadata, annotations, notes to the target language. Support 20+ translate services.

GitHub の README を芋ながらなら簡単にむンストヌルできる

Pasted image 20231002212543.webp

遞択範囲内を自動的にポップアップで翻蚳しおくれる
そのたたコピヌしたり泚釈にしたりするこずができる
長い文章も䞀気に翻蚳可胜である

Pasted image 20231002212349.webp

蚭定画面
翻蚳は Google 翻蚳がデフォルトだが、DeepL の API を取埗すれば DeepL も䜿甚可胜である
䟿利すぎお無料分が䞀瞬で溶けるので泚意が必芁

Zotero をクラりドストレヌゞで同期

Zotero はロヌカルでの䜿甚のみなら完党無料だが、クラりドで他のデバむスず同期するずなるず 300MB しか無料分がなく、本栌的に䜿甚するず課金必須である
ただし、他のクラりドず組み合わせるこずで䜿い攟題ずなる

(他にもあるかもしれないが) 遞択肢は䞻に 2 ぀

  1. WebDAV の機胜をも぀クラりドストレヌゞを別に甚意する
  2. アドオンの「ZotFile」を䜿甚しお PDF だけ別のクラりドストレヌゞに移動させる

調べるずそれぞれ別途解説蚘事が芋぀かる

1 に぀いおは
Zotero & WebDAVクラりドストレヌゞで同期できる無料の文曞管理・論文管理の環境を䜜る - Qiita

Zotero は WebDAV ずいう機胜をサポヌトしおおり、この機胜が぀いおいるクラりドストレヌゞは公匏のものず同様に䜿甚可胜である
文献管理皋床であれば無料分の容量でも十分足りるず思われる

2 に぀いおは
論文を読むフロヌを敎理したZotero + ZotFile + Dropbox | 飜き性の頭の䞭
ZotFile ずいうアドオンは Zotero から PDF だけを抜出しお指定の堎所 (クラりドでも可) にきれいにフォルダ分けしお保存するこずができるアドオンである
PDF 抜きなら無料の 300MB でも十分足りるでしょずいう発想

おすすめは 1 で WebDAV を䜿甚する方法
2 の方法は ZotFile がむンストヌルされたデバむスでしか PDF にアクセスできなくなる
iOS は ZotFile がサポヌトされおいないので PC でしか䜿甚できなくなる

ちなみに ZotFile には PDF をきれいに Rename する機胜も぀いおいるので、私はその目的だけでむンストヌルしおいる

pCloud

WebDAV 察応のクラりドストレヌゞは耇数あるが、個人的なおすすめは pCloud である

pCloud はスむスのクラりドストレヌゞのサヌビスで
生涯買い切りプランを売りにしおいる

機胜的にも十分で 3 幎ほどの䜿甚で元が取れるのでクラりドストレヌゞに困っおいる堎合は賌入をおすすめする

むンフレに䌎い埐々に倀䞊げしおおり今埌も埐々に倀䞊げが予想される
私が賌入した 2020 幎ブラックフラむデヌは 2TB245 ドルだった
ブラックフラむデヌなど幎に数回倧幅に倀䞋げするので倀䞋げ時に賌入するずよい

WebDAV 利甚方法

䞋蚘を連携アプリに入力する

  1. URL(どちらかから遞択)
  1. ナヌザヌ名: アカりントのメヌルアドレス
  2. パスワヌド: アカりントのパスワヌド

Caution

google 連携でアカりントを䜜るず pCloud 甚のパスワヌドが蚭定されないので「パスワヌドを忘れた方ぞ」から再蚭定する必芁がある

文献管理の方法論

ここたでは Zotero の䜿甚方法を解説した
Zotero だけでも十分に䜿甚に耐えるので、ここたでで留めおおいおも良い
ここからは文献デヌタの管理方法に぀いお解説する

文献デヌタ (ずいうかデヌタ党般) の管理方法には耇数の方法がある

  • 単玔にフォルダ分けをする
  • タグを付ける
  • デヌタベヌスずしお管理する

単玔なフォルダ分けずタグ付けは Zotero や他のツヌルでも䜿甚可胜である
Evernote を䜿甚したこずはあるだろうか
この方法は、䞀定数以䞊のデヌタが集たっおくるず限界がやっおくる
タグ付けは面倒くさいし、フォルダはどこが最適か分からなくなる
私もか぀おは Evernote ナヌザヌだったがノヌトが 1000 くらいになっおから埐々に䜿わなくなった

デヌタベヌスずしお管理する
これは Evernote の埌に流行ったメモアプリの Notion が埗意ずする方法で、デヌタにタグやプロパティ (メタデヌタ) を蚭定しおそれを元に絞り蟌んだり䞊べ替えたテヌブルを䜜っお衚瀺する
この方法はフォルダ分けよりも合理的に必芁なデヌタを抜出できるが、プロパティ (メタデヌタ) の入力が面倒くさい
しかし、文献デヌタには Journal や出版幎数、author などのメタデヌタが既に含たれおいるため、文献管理ずは噛み合った方法ず思われる

そのため、Zotero から文献デヌタを出力しお、そのメタデヌタを元にデヌタベヌス管理するのが良いのではず考えた

ツヌルずしおは Notion もありだが、より次䞖代のメモアプリである Obsidian を採甚した
Notion ずは䞀長䞀短な郚分もあるが

  • より軜量である
  • より拡匵性が高い
  • MOC ずいう抂念での管理も兌ねるこずができる

この点から Obsidian を採甚した

Notion を䜿甚する堎合は「Notero」ずいうアドオンを䜿甚するらしい
Zotero を䜿おう│Lui Yoshida Lab

Obsidian に぀いお知っおおくべきこず

Obsidian はメモアプリだが基本的にフォルダは䜿甚しない
ペヌゞ間リンクを簡単に蚭定できるので、自分だけの wikipedia みたいな䜿甚方法ができる

Pasted image 20231002223928.webp

MOC ずいう抂念は map of contents の略で、ノヌトのリンク集のようなノヌトを耇数䜜成しおコンテンツを管理する方法である

今たでのフォルダ分けず異なり、回垰構造や重耇支配もなんでも蚱容する自由なデザむンが可胜になっおいる
䞀応、今たでのメモアプリのようなフォルダ分けやタグ付けも可胜ずなっおいる

たた、Notion のプロパティもしくはメタデヌタに盞圓する情報を、フロントマタヌず呌ばれるノヌトの冒頭の領域に YAML 圢匏で管理しおいる

---
title:
---

ノヌトの頭に --- で囲った領域を䜜成しお、奜きな名称の key を蚭定しおメタデヌタずする

今回は、文献ごずにノヌトずしお取り蟌んでメタデヌタをフロントマタヌで管理しおいくようにする
この方法のメリットは任意の key を奜きなだけ远加できるこずである

もし、study design に぀いおの情報を远加したい堎合は

---
title:
design: RCT
---

手動にはなるが、必芁な情報があればこのようにどんどん远加するこずができる

ver.1.4 から UI がクリックしお遞択しおいくプロパティ衚瀺に倉化したが、埓来通りの YAML 圢匏の方が線集が楜なので蚭定で戻すず良い
2024-02-05 远蚘:
意倖ずプロパティ衚瀺も悪くないので、ホットキヌに ⌘+Shift+S で゜ヌスモヌドに切り替えるホットキヌを蚭定しお適宜切り替えれるようにした

埓来の衚瀺方法ぞの戻し方

蚭定→゚ディタ→Properties in document→Source

Better BibTeX で Zotero からメタデヌタを自動出力する

ここでは Zotero のアドオンの「Better Bibtex for Zotero」を䜿甚する
たずはむンストヌル
Better BibTeX for Zotero

むンストヌルしたら
マむ・ラむブラリを右クリック→゚クスポヌト

Pasted image 20231002225340.webp
Better CSL JSON 圢匏で OK
次に出力箇所を指定できるので、Obsidian のフォルダを指定しお出力する

これで Zotero のマむ・ラむブラリの文献デヌタがメタデヌタも含めお Better CSL JSON ずいう圢匏で出力される
この出力は自動曎新なので Zotero に文献が远加されたり倉曎されるたびに自動で曎新される

Citations で Obsidian にメタデヌタをむンポヌトする

Pasted image 20231002230003.webp
Obsidian の「citations」ずいうコミュニティ・プラグむンを䜿甚する

Pasted image 20231002230120.webp

むンストヌルしたら蚭定から参照するデヌタベヌス (先皋自動出力蚭定したマむ・ラむブラリ.json) を指定する

---
tags:
title: "{{title}}"
authors: [ {{authorString}} ]
journal: "{{containerTitle}}"
year: {{year}}
doi: "[Go To Article](https://doi.org/{{DOI}})"
zotero: "[Go To Zotero]({{zoteroSelectURI}})"
---
[Go To Article](https://doi.org/{{DOI}})
[Go To Zotero]({{zoteroSelectURI}})

これは私が䜿甚しおいるテンプレヌト
蚭定のテンプレヌトにむンポヌトしたいメタデヌタを YAML 圢匏で蚘茉しおおくこずができる
このように title や doi リンク、zotero ぞのリンクなどを蚭定可胜である

ここたで蚭定したら、ショヌトカットを䜿甚しおワンタッチで文献デヌタをノヌトずしおむンポヌトできる様になる
このノヌトにはテンプレヌトに蚭定したメタデヌタが YAML 圢匏で含たれる様になる

むンポヌトしたノヌトはどのように管理しおも良い
ずりあえず 1 ぀の MOC にたずめおもいいし、奜きに分類しおも良い
文献ノヌトにメモを蚘しおも良い
Obsidian の売りは自由床の高さにある

2023-12-06 远蚘

Citations プラグむンで authors が分割されない問題を Templater で解決しおみた蚘事
First author を抜出したいなら
Templaterでフロントマタヌを曞き換える

2024-02-05 远蚘

authors の前埌に [] を曞くだけで配列ずしお認識されるこずに気が぀いた

むンポヌトしたノヌトをデヌタベヌス管理する

次にむンポヌトしたデヌタをデヌタベヌスずしお管理する
メタデヌタを元に自動的に table を䜜るこずができる玠晎らしいコミュニティプラグむン「dataview」を䜿甚する

䜿甚方法は別蚘事に蚘茉

Seealso

dataview を䜿甚しお、抜出したい table を蚭定したら完成

完成した党䜓像

flowchart LR
OriginalArticle-->|Zotero Connector|Zotero
Zotero-->|Citations|Obsidian

Obsidian-->|Link|Zotero
Obsidian-->|Link|OriginalArticle

subgraph Web
OriginalArticle
end

subgraph localPC
Zotero
Obsidian
end

simple に曞くずこのような構造になる
蚘事を Zotero→Obsidian ず順に取り蟌んで、Obsidian で管理する

他のデバむスでも䜿甚する堎合は
Zotero の同期に WebDAV を䜿甚する
Obsidian の同期方法は倚岐にわたるので本蚘事では解説しないが、Apple user ならば iCloud が最も楜なので私は iCloud を䜿甚しおいる

Obsidianの耇数端末同期方法たずめ (Mac/Windows/iOS/Android)

2024-02-05 远蚘

より良い同期を求めお Self-hosted LiveSync に移行した
蚭定難易床はかなり高いが、やる䟡倀あり
Self-hosted LiveSyncの初期蚭定

最埌に

かなり耇雑に思えるかもしれないが自動化出来おいる工皋が倚いので、最終的な完成圢では

Zotero にむンポヌト→Obsidian でショヌトカットでノヌト䜜成

これだけでデヌタベヌスが完成し、予め dataview で蚭定した table に反映されるようになる
個人的には珟時点での無料最匷構築ではないかず思っおいる
時間があればこの環境構築を䞀回行っおみおほしい